廃車：キハ40 836,840 ・2018年度 廃車：キハ40 781,789,808 ・2019年度 新製：h100-3～15 ※長万部～小樽～札幌に投入、キハ201系以外のワンマンを置き換え 廃車：キハ40 352,360,817,822 ・2020年度 新製：h100-16～27 ※2020～2021年度にあと48両投入予定、合計127両投入計画あり ※利用上の注意事項を読んだ上でご覧ください。 ・2017年度 新製：h100-1～2 廃車：キハ40 836,840 ・2018年度 廃車：キハ40 781,789,808 キハ480-304は転用されず2006年（平成18年）廃車されました。 上記以外のキハ40形100番台141両にワンマン運転対応改造が行われ700番台に改番されています。また17両が都市近郊輸送用に座席が2+1に改造され800番台になっています。
キハ40 764。映画撮影用に改造後の姿（2005年1月8日 石北本線金華駅）キハ40 789（旧キハ40 150）DMF13HZに換装済み（2010年7月11日 函館本線長万部駅）改造後数年でリニューアル工事を実施した他、単色化により首都圏色となった。その後キハ41 2001は方向転換が行われ、増設運転台が豊岡方に向くようになった。キハ40 764（旧キハ40 230）映画撮影用に改造後の姿（2004年4月26日 石北本線遠軽駅）キハ47形110、120 JR四国標準色（オレンジタウン駅 - 造田駅、2008年10月18日）給電用機関（キハ40 2143、徳島駅、2012年1月15日）2004年には、特急「はやとの風」および観光列車「いさぶろう」・「しんぺい」に使用するための車両が本形式から改造されている。8000番台の一部は、機関交換と同時にトイレ用の水タンクを小型化して床下に移設し臭気抜き・換気装置を設置、不要となった屋根上のタンクを撤去し同時にトイレの窓も埋められている。片運転台のキハ47形とともに本系列の主軸となる両運転台車で、両運転台の直後2か所に片開き扉を装備し、新製時は全車がトイレ付きであった。番台区分に0番台（1 -）が存在しないのは、かつて旧形客車を気動車化改造したキハ40形（初代。後にキハ08形に改番）が存在していたためである。車齢が若かったこともあり、国鉄時代に行われた改番を伴う改造は、キハ40形1000番台のみである。また、冷房改造は鹿児島地区のみで実施された。キハ40 764。映画撮影用に改造後の姿（2004年4月26日 石北本線遠軽駅）本系列に対して初めて冷房改造が行われたのが九州であった。民営化後も1987年から1989年にかけて全車に対して冷房改造が実施された。国鉄時代はバス用の装置を転用したサブエンジン式のAU34、民営化後はAU34を改良したAU600Kを搭載した。現在は屋根上の通風器が撤去されている。ワンマン改造は、大多数に対し施行済みであるが、線区の事情に応じて内容が異なる。また機関出力向上は1990年から数種の方法で行われており、それぞれ新形式または新番台区分となった。ヤンゴン環状線RBE3044 (元JR東海キハ40 6309)2005年から観光列車用にキハ47形の内装・外観を改装した車両である。トイレ付き車とトイレなし車で2両編成を組み1両は指定席車として運用されるが、種車と異なりトイレの有無による番台区分はされておらず通番が付与されている。ベル・モンターニュ・エ・メール（べるもんた）（2016年5月29日）形式と番台の変更を伴う改造は、キハ40形・キハ47形の座席のロングシート化による改番とキハ47形の両運転台化によるキハ41形への改形式、イベント用列車への改造に伴うもののみであるが、1989年度からキハ40形の全車とキハ47形の大半にワンマン運転対応化改造が実施されている。リバイバル急行「ちどり」キハ48 4 三次駅（2013年9月7日）キハ47 1053・キハ40 2036（2009年2月15日）液体変速機はコマツ製のKTF3335A-1A（変速2段・直結3段、自動式）または新潟コンバータ製TACN-22系（変速1段・直結2段、自動式）へ換装したが、台車が元のままの1軸駆動であり、軸重に対して出力が勝ち過ぎて空転を起こしやすい傾向があり、台車強度の関係から出力を本来の355 PSから330 PSに落としている。また、液体変速機のうちコマツ製のKTF3335A-1A換装車は、105 km/h以上で使用可能な直結3段目はキハ40系の最高速度が95 km/hのため使用されず、実質的には変速2段・直結2段である。国鉄色に変更されたキハ47 114・キハ47 1086（阿波池田駅、2010年6月14日）1999（平成11）年度から性能向上策が新型機関への換装工事に移行したこともあり、本番台も2006（平成18）年度から8000・9000番台へ再改造されている。なお本系列ではそれまでの気動車のように北海道向け車両を別形式とせず、同一形式内での番台区分としたのも特徴である。※（JR東日本のキハ40形には元キハ40形のキハ48形700･1700番台5両、JR西日本のキハ47形にはキハ41形5両、JR四国のキハ47形にはキロ47形2両、JR九州のキハ47形にはキロシ47形2両を含む）キハ40 2007 津山鉄道部ワンマン車色（1997年）旧塗装。ヤンゴン環状線RBE25126 (元JR東日本キハ40 2022)改造はキハ40形3両を種車として実施されたが、種車が両運転台であるため後位側の運転台を撤去し、その跡にトイレ・洗面所または喫煙室を設置した。これにより形式をキハ48形に変更し、車番を改めた（キハ40 506・507・510 → キハ48 701・702・1701）。外観は「青池」編成の青に対し白神山地の深緑を車体色とし、前頭部の形状も「青池」編成とは異なるイメージのものとした。本編成は、客用扉にドアチャイムを設置する。長崎地区ではキハ66系やキハ200系に置き換えられてキハ40系の定期運用は「或る列車」のみとなっている。機関換装は1989年以降に少数に実施した後、1997年度からは本格的に実施され、1999年度までに全車の施工を完了した。なお、機関換装にあわせて全車を改番している。キハ40形と同等の車端部片開き2扉配置だが、片運転台であり、便所の有無や耐寒仕様による番台区分があるが、暖地仕様の車両は存在しない。 便所は運転台のない側の車端デッキ寄りに設置されている。1999年からコマツ製SA6D125H-1Aに、2004年以降は排気ガス対策を強化したSA6D125HE-1（いずれも300 PS / 2,000 rpm）に機関換装された。変速機は新潟コンバータ製TACN22-1612A（変速1段・直結2段）とした。しかし、キハ40 8103・8126の2両はコマツ製KTF3335A（変速2段・直結3段 自動式）を搭載している。なお、KE53形2個の接点数は合計で30であるため、接点数61のKE93形では多数が空き接点となる。これはKE66・67形相当の信号線の割り当て予約など、将来的な割り当て数の増加を見越して接点数に余裕を持たせたためであり、KE93形をKE94形を併用せずに単独で使用する際には、KE66・67形や冷房用のKE53形1個の接続が不要となる。キハ40 2007 天空の城 竹田城跡号（2015年8月29日）2004年には「いさぶろう」・「しんぺい」用の、2006年には「はやとの風」用の増備車が改造され、本グループに編入されている。2017年にはキハ47 8087および9051に対し「かわせみ やませみ」用の改造を行った。客室に設置されたクールファン（キハ40 1749、2008年4月29日 根室本線普通列車車内）以下のように、登場する映像作品はアニメーション作品が圧倒的に多い。また、17両が都市近郊輸送に対応するため、旧番号時代の1991 - 1992年に座席を2+1人掛けに改造している。番号は次のとおり。キハ40 826（旧キハ40 101）角型水タンク装備（2009年5月 釧網本線緑駅）キハ40 1005「首都圏色」 烏山駅で折り返し発車待ち（2016年8月）キハ40形700番台の車内（2+1人掛けに改造された車両、2005年12月）1000番台（烏山線仕様）の車内。旧トイレ部分は固定式の小窓になっている2006年には追加でキハ47 8092が改造され、キハ147 1045を方向転換したうえで同車と2両編成を組むようになり、キハ140 2066は多客時の増結用となった。なお、キハ47 8092は指定席用で、内装も従来車に比べて明るい白木仕上げに変更されている。キハ40 737（旧キハ40 162）水タンク撤去と機関直噴化改造施工済（2009年8月 釧路運輸車両所）キハ40形2109、2107 JR四国標準色（オレンジタウン駅 - 造田駅、2008年10月18日）全4両で、使用車両は以下の通り。それぞれに名前が付けられている。1.3 m幅の両開き扉を車体中央寄り2か所に配置した、いわゆる「近郊形」のレイアウトで、客室窓は2段上昇式ユニット窓、デッキは装備せず、北海道向けの酷寒地仕様も存在しない。キハ40形、キハ48形よりもラッシュ時などの客扱い能力を重視した片運転台車であり、仕向け地とトイレの有無による番台区分がある。車内の化粧板はクリーム色系だが、初期に製造されたキハ47 1 - 16は緑色系である。増設運転台は種車の車体に新造の切妻前面構体を接合しており、既設運転台と灯具類の設置位置や運転室内配置を揃えた特徴的なものとなっている。増設運転台直後にトイレと水タンクを増設しており、2000番台に付番されている。旧国鉄一般形気動車標準色風塗装のキハ40形6300番台（2012年1月9日、美濃太田駅）従来、仙台支社では貨車を改造したトロッコ車両を保有していたが、運転時の入換作業や保安要員の配置など運行コストの問題があったため、置き換え用としてキハ48 547・1541を改造した。改番は実施されておらず、機関をDMF14HZに換装している。キハ40 777（旧キハ40 248）首都圏色（2011年8月24日 根室本線新得駅）1987年から1988年、および1995年に前述のキハ40形1000番台6両を含む計26両にサブエンジン式のAU34による冷房化改造が実施されている。床下の熱交換器を撤去して冷房装置を搭載するもので、1987年から1988年にかけて改造された車両は室内熱交換器を床下に設置する方式、1995年に改造された車両は荷棚部に室内熱交換器を設置する方式である。その後1995年以降、南秋田運転所、小牛田運輸区、新津運転所の計113両は機関直結式のAU26J-Aによる冷房化改造が実施された。冷房装置の搭載は1988年に試験的に実施した後、1990年度からは床下搭載型のAU27形とAU28形によって本格的に実施され、1991年度に全車の改造を完了した。2006年3月18日のダイヤ改正で「リゾートしらかみ」は多彩な観光メニューに対応するため3往復体制となり、これに併せて第3編成として投入されたのがこの「くまげら」編成である。内装と設備は「ブナ」編成と同一であり、本編成も客用扉にドアチャイムを設置する。種車は両先頭車がキハ40形で、中間車は元「青池」編成のキハ48 1521である（キハ40 515・520 → キハ48 703・704）。3両編成であったが、2010年12月のダイヤ改正でキハ48 1503を「くまげら」用に改造した上で組み込み、4両編成化された。キハ40 336（2006年11月2日 函館本線苗穂駅）トイレの隣（洗面所跡）に窓がない2002年12月の東北新幹線八戸延伸に伴って展開された「北東北ディスティネーションキャンペーン」に合わせて登場した増備車である。従来の編成と編成両数や設備が異なり、区別するために「ブナ」編成と命名された。従来の「青池」編成が4両編成であるのに対して3両で組成されていたが、後の2010年12月のダイヤ改正で旧「青池」用であったキハ48 1543を「ブナ」用に改造した上で組み込み、4両編成化された。前面と側面の窓は眺望に配慮して拡大し、UVカットガラスの固定式とした。塗色は青森県内各地で開催される「夏祭り」をイメージした赤を基調に窓下を白に塗り分けている。機関をDMF14HZ・変速機をDW19-Rに換装し、冷房装置 (AU26J-A×2) を屋根上に搭載した。車内は、1・3号車 (1505・1506) に2人掛けと1人掛けの回転式リクライニングシートを装備、2人掛けシート設置部は床を100 mmかさ上げしたハイデッキ構造とし、1人掛けシートは眺望に配慮して45度窓側に向けた状態で固定可能であるほか、トイレと洗面所も新設し、客室との間に喫煙室を設置している。2号車 (1534) は座面を畳敷きとしたボックスシートで、背もたれを高くした個室に近い構造となっているほか、前位には、観光用VTRや運転席からの映像を放映することができるモニタを備えた情報コーナーを設けている。なお、これらとペアを組むキハ48形1500番台5両（1523・1524・1528 - 1530）にもワンマン運転設備が付加されているが、機関換装は実施されず、改番も行われなかった。キハ47 44・キハ47 1038 玉柏駅 - 牧山駅（2010年3月20日）北海道用の酷寒地向けとして1977年上期から製造された、暖地向けのキハ47形とともにキハ40系では最初に就役したグループである。